La Fondazione sorse nel 1964, con l'obiettivo di creare un'istituzione culturale capace di mettere a frutto, con la massima flessibilità operativa, un grande patrimonio culturale nell'ambito delle scienze socio-economiche. Gli interessi storici, economici e sociologici, che erano stati al centro della lunga operosità di Luigi Einaudi e che si riflettevano nella sua vasta biblioteca, nell'Italia di quegli anni erano ancora discipline minoritarie. Lo scopo della Fondazione non era però di mera conservazione del lascito culturale einaudiano, che anzi si voleva recuperare come risorsa attiva nello sforzo di favorire l'evoluzione e il rinnovamento degli studi economici, storico economici e sociali.

Al momento della sua costituzione, la Fondazione poté avvalersi del supporto finanziario dei suoi enti promotori: la Provincia e il Comune di Torino, la Cassa di Risparmio di Torino, l'Istituto Bancario San Paolo di Torino e della FIAT, unitamente alla Famiglia Einaudi. Fin dai suoi inizi, inoltre, la Fondazione ha potuto contare anche sul sostegno della Fondazione Enrico e Agostino Rocca e della Banca d'Italia.